1956年5月26日，经国务院批准成立，定名为中国民用航空局航空学校；9月22日，国防部次（56）乙组字第64号文件批复空军司令部，同意在成都地区组建番号为中国人民解放军第十四航空学校

1963年10月25日，空军、民航总局联合发出通知，学校改名为中国民用航空高级航空学校

5月14日，空军司令部通知，民航高级航校改名为中国人民解放军第十四航空学校

民航从1980年3月15日起成为国务院的直属局，列入大专院校序列列入大专院校序列

1987年12月15日，国家教委批准了学校由专科学校升格为本科学院

11月，中国民航飞行学院三分院从广汉搬迁至洛阳，同洛阳航空站整建制合并成立中国民航飞行学院洛阳分院

2012年组建中国民航飞行学院遂宁分院；2017年9月中国民用航空局、四川省人民政府共同推进学院“双一流”建设和天府新校区建设。

2024年2月29日，中国民用航空飞行学院天府校区投用；9月10日，中国民航飞行学院天府校区投用。

2019年5月，中国民航飞行学院自贡训练基地成立； 2020年5月，中国民航飞行学院-珠海中航飞行学校梧州训练基地成立；9月，中国民航飞行学院被列入“四川省高水平大学”名单； 2023年4月，学校入选四川省高等学校“双一流”建设贡嘎计划； 2023年6月，中国民用航空飞行学院被推选为全国高校红色体育联盟理事长单位

3月3日，由中国低空经济联盟与中国民航飞行学院共同发起创办的全国低空交通一张网研究中心在中国民航飞行学院成立。3月19日，沃飞长空与中国民用航空飞行学院（下称中飞院）签署合作协议，成为国内首家与中飞院签订eVTOL人才培训共建协议并落地实施的eVTOL企业